Introducción

El cluster CAI pone a disposición de nuestros usuarios un juego muy amplio de paquetes informáticos destinados al desarrollo de su actividad investigadora.

El primer elemento a tener en cuenta es el Sistema Operativo que, en nuestro caso, es el Rocky 8.6. Una distribución Linux que sigue de cerca a la distribución Red Hat. Para un uso efectivo de este elemento, nuestros usuarios deberían estar familiarizados con el uso del shell BASH, del que hay multitud de tutoriales sencillos en Internet como el disponible en WikiLibros.

Otro elemento muy importante es el gestor de colas Slurm, del que tenemos instalada la última versión estable: la 22.05.02. De este gestor de colas existe una documentación muy interesante en su página web.

Módulos, qué son y cómo afectan al uso de los programas

Dado que el software debe estar instalado en todas los equipos que componen el cluster y que sería imposible mantener el software coordinado si las instalaciones fueran independientes, el software se instala en un sistema de ficheros compartido y no en la localización que sería normal en un equipo individual. Esto obliga a que, antes de usar el software, sea necesario cargar un módulo.

Los módulos no son sino unos pequeños scripts que definen variables necesarias para la ejecución de dichos programas. Después de la carga del módulo podemos ejecutar el programa sin ningún requisito más.

Los tres comandos más interesantes respecto a los módulos son:

• Obtener la lista de todos los módulos disponibles con la orden «module avail». Veremos una lista extensa  donde se nos muestra todo el software disponible, a veces en varias versiones (instaladas por dependencias de otro software)
• Carga de un módulo mediante la orden «module load nombre_módulo»  donde nombre_módulo es cualquiera de los mostrados con el comando anterior («module load Biopython/1.79-foss-2021b» por ejemplo).
• Descarga de un módulo mediante la orden «module load nombre_módulo», usada si deseamos dejar de usar ese módulo.

Hay que entender que la carga de un módulo habilita el uso del software correspondiente durante la sesión. Si la sesión se cierra y se vuelve a abrir deberemos volver a cargar el módulo.

Es importante tener eso en cuenta porque en los scripts para lanzar los trabajos en el cluster deberemos incluir la orden de carga del módulo o las variables no estarán disponibles.

En algunos casos (Matlab por ejemplo) puede ser interesante cargar el módulo en el script de inicio de sesión (el fichero ~/.bashrc) de modo que el mismo esté disponible nada más conectarnos al sistema.

Software científico y de apoyo instalado

Aunque la lista completa de software puede obtenerse con el comando citado («module avail») a continuación damos una lista del software que nuestros usuarios solicitaron en el momento de la última ampliación del cluster:

Bibliotecas de recursos y herramientas de desarrollo

• Librerías relacionadas con las GPUs (CUDA/12.0.0).
• Librerías de soporte a la programación paralela OpenMPI y MPICH
• Librerías HDF5 de almacenamiento.
• Librerías FFTW de transformadas de Fourier
• Librerías netCDF de almacenamiento.
• Librerías Lapack de operaciones matemáticas
• Visual Studio Code (sólo en los nodos frontales)
• Compilador Fortran (gfortran)
• Intel GNU C/C++
• Intel MKL
• Python (2.7.18, 3.7.4, 3.8.6, 3.9.5, 3.9.6, 3.10.4 y 3.10.8)
• Julia

Aplicaciones científicas

• ABySS
• Anaconda (ultima versión) sobre python 3.9 o posterior
• bowtie2
• cdo
• ChartDirector
• Clojure
• FEniCS
• Ferret
• Gaussian (versiones 09, 16b y 16c)
• GDAL
• gnuplot
• Gromacs 2018.8
• Hyperworks
• LAMMPS
• lastZ
• LibMesh
• LLVM
• Matlab 2023.a
• migrate-n
• Moltemplate
• NAMD
• NWChem
• OPENFOAM
• Paraview
• petsc
• pops
• R
• Repeatmasker y Repeatmodeler
• samtools
• SPADES
• Tensorflow
• VASP (versión6.3.2)
• VMD
• WRF

Aplicaciones de visualización

Estas aplicaciones sólo están instaladas en los nodos frontales porque no sirven para realizar cálculos, sino para visualizar los resultados.

• ncview
• pvserver
• xmgrace

Instalación de nuevo software

Si por algún motivo el software que desea no se encuentra disponible tiene dos posibilidades.

Instalación propia

Si el software que desea usar sólo va a ser usado por usted y además no pesa mucho, siempre puede instalarlo en su propio $HOME. No se requieren privilegios especiales para ello, aunque debe asegurarse de definir correctamente las variables necesarias para que el sistema reconozca que usted quiere usar ese programa y no otro que esté instalado en el sistema.

Instalación general

Si el software va a ser de un uso muy general, es muy pesado (ocupa mucho espacio en disco) o bien la instalación es complicada, siempre puede optar por abrir un CAU enviándonos toda la información de que disponga. En especial, esta información debe incluir el tipo de licencia y la licencia si es necesaria,  las instrucciones de instalación suministradas por el fabricante y el software necesario (o un enlace para su descarga).